分為兩個階段：第一階段，有機殘體分解提供了組成腐殖質分子的原始材料，如多元酚、含氮有機物（如氨基酸、多肽等）及其它的礦質化中間產物等 ；

第二階段，由微生物菌分泌的多酚氧化酶將多元酚氧化成醌，醌再與氨基酸或肽縮合而成腐殖質的基本結構單元，然后在微生物菌及其分泌酶作用下，與其它結構單元進一步縮合形成復雜而穩定的腐殖質。這里所述的只是形成腐殖質的可能途徑，實際上腐殖質的形成、組成和性質遠遠比上述模式要復雜的多。